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# general
################################################################################
# experiment files directory
save_directory: experiments
# experiment naming prefix
experiment_prefix: standard
################################################################################
# dataset
################################################################################
chromosomes: ['chr1']
dataset_id: hg38
#chromosomes: ['chr10']
segment_length: 2000
overlap: 500
num_queries: 10
#repeat_types: ["LTR", "DNA", "LINE", "SINE", "RC", "Retroposon", "PLE", "Satellite", "tRNA", "snRNA", "rRNA", "scRNA"]
repeat_types: ["DNA","LTR"]
#dataset_size: 10
################################################################################
# features
################################################################################
cost_class: 1
cost_segments: 1
cost_siou: 1
eos_coef: 1
iou_threshold: 0.5
################################################################################
# network architecture
################################################################################
################################################################################
embedding_dimension: 6
nhead: 6
num_encoder_layers: 6
num_decoder_layers: 6
# training
################################################################################
lr: 0.0001
max_epochs: 300
batch_size: 2
validation_ratio: 0.1
test_ratio: 0.1
max_norm: 0
seed: 42
dropout: 0.3
gpus: 1
loss_delta: 0
patience: 5
profiler: null
num_sample_predictions: 5
################################################################################