YuLab-SMU/ggtree#434 YuLab-SMU/ggtree#367
ggtree + deeptime can do something like this, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590197420300197.
- introduce align argument in geom_hilight #431
- geom_facet() support discrete scale
- geom_cladelab: the devel version of geom_cladelabel to support aes mapping
- add horizontal parameter in geom_cladelabel
- branch size can be grandually changed
- add offset.label and label to geom_treescale
- fix extendto argument for geom_highlight when layout="inward_circular" or "dendrogram"
- added new default tip.order to ggdensitree that is more similar to DensiTree's
- update stat method of tree layout
- remove inhibit.size and use continuous replace
- The optimization of internal function of geom_tiplab
- optimize the angle of text in geom_cladelab and don't inherit the global aes in geom_cladelab and geom_taxalink
- fix ape layout branch.length
- update geom_tiplab for better compatibility with geom_nodelab
- new geom_nodelab and geom_tiplab
- Update geom_range.R to fix issue #306
- optimizing geom_range to support the mapping of color, size.
- Add branch.y (and branch.x = branch) in calculate_branch_mid() for positioning on branches in unrooted layouts
- add branch.x and branch.y for unrooted layout
- fixed fontface of aes
- add td_mutate and geom_hilight, geom_cladelab supporting fuction data
- fix the issue of data argument of geom_tiplab
- options to control the line type of radial
- data argument of geom_facet supporting function #430
- add
select,filter,mutate,left_join,unnest,pullandrenameverbs fortreedataobject
geom_zoom_clade
ggtree for pvclust
写一段ggtree画思维导图的例子。
x = tribble(~x, ~y, 'a', 'b', a', 'c') ggtree(as.phylo(x), layout='roundrect') + geom_label(aes(label=label))
还可以把原来的label当做是个指代，替换成真正的label，可以用ggtext支持富文本。
-
Adding read.treeqza to parse tree qza file from output of qiime2
-
fix the add_pseudo_nodelabel when the node.label is not null in beast file
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