1、提升大文件的压缩性能
2、修复了一些兼容性问题
1、支持三代基因数据的高倍率压缩(PacBio/Nanopore)
2、修复了已知问题
重要修复:
存在一些特定场景,gtz压缩包解压成fastq.gz格式时,有可能需要解压多次才能成功,但解压成fastq格式时却没有问题
优化了一些特性
修复gtz在遇到以下两种情况时,会报压缩失败然后退出的问题:
1、遇到非常特殊的fastq.gz格式文件
2、遇到具有非常特殊CPU型号的服务器
1、修复一个已知的问题
1、支持bam压缩
2、压缩fastq.gz文件时,性能较原来提升了一倍以上
3、修复之前版本反馈有些fasta处理不了的问题
4、将fastq格式的gtz解压成gz格式时,可以通过-l/--level可以修改gz格式的压缩级别
1、修复了一个在极特殊情况下,gtz解压不正常问题
1、不再需要制作bin,直接使用--ref指定物种fasta(速度很快)
2、默认情况下,加压使用参考基因组后,解压不再需要,除非使用了--donot-pack-ref
3、增加了速度和压缩级的参数(-l 0~9)
主要修改如下:
1、提高了压缩gz文件和解压成gz文件的性能
2、解决gtz不能运行在某些特定CPU型号的服务器上的问题
3、修正压缩gz格式文件时进度条显示超过100%的问题
4、新增 -s 参数,用于压缩时开启物种自动识别功能,该参数在-b指定了bin文件时会失效
5、新增 --bin-path 参数,用于开启物种自动识别时,指定bin文件所在目录。如果没有修改bin默认路径(~/.config/gtz),则可以不指定
主要优化索引文件的加载速度,压缩速度会有明显的提升
1、解决压缩完成后做校验时,gtz有时会比较慢的问题
2、解决用-c做解压时,-e不工作的问题
1、解决GTZ有时加载慢的问题
2、解决输入ctrl+c,gtz有时不能退出的问题
增加功能:
1、-c/--stdout 解压到终端
2、-z/--fastq-to-fastq-gz 将fastq解压成gz格式,该选项只对fastq有效,非fastq会忽略该选项
基础修订