-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathTool_all.pl
82 lines (82 loc) · 3.16 KB
/
Tool_all.pl
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
if($#ARGV<2){
die "Usage: Tool_all.pl HPV.fasta model input_feature_type";
}
$input_genome=@ARGV[0];
$model=@ARGV[1];
$input_type=@ARGV[2];
if($input_type=~m/full_genome/){
@input_genome1=split('\.',$input_genome);
$prefix=$input_genome1[0];
$final_features= "$prefix".'_features.csv';
$out_genes="$prefix".'_genes.fa';
$tmp_out_features='HPV_features.tsv';
$tmp_out_rscu='HPV_rscu.tsv';
system("perl genome_to_gene.pl $input_genome $out_genes");
system("rm -f $input_genome");
system("perl nfeatures.pl $out_genes $tmp_out_features");
system("perl codon_analysis.pl $out_genes $tmp_out_rscu");
system("rm $out_genes");
system("perl nfeatures_to_features.pl $tmp_out_features $tmp_out_rscu $final_features");
system("rm $tmp_out_features");
system("rm $tmp_out_rscu");
system("python3 E2_E6_models/E2_E6_load_model.py $final_features $model");
system("rm $final_features");
system("rm -r $prefix");
}
elsif($input_type=~m/all_genes/){
$out_genes="$input_genome";
@input_genome1=split('\.',$input_genome);
$prefix=$input_genome1[0];
$final_features= "$prefix".'_features.csv';
$tmp_out_features='HPV_features.tsv';
$tmp_out_rscu='HPV_rscu.tsv';
#system("perl genome_to_gene.pl $input_genome $out_genes");
system("perl nfeatures.pl $out_genes $tmp_out_features");
system("perl codon_analysis.pl $out_genes $tmp_out_rscu");
system("rm $out_genes");
system("rm -f $input_genome");
system("perl nfeatures_to_features.pl $tmp_out_features $tmp_out_rscu $final_features");
system("rm $tmp_out_features");
system("rm $tmp_out_rscu");
system("python3 15f_five_genes/15f_load_model.py $final_features $model");
system("rm $final_features");
#system("rm -r $prefix");
}
elsif($input_type=~m/E2_E6/){
$out_genes="$input_genome";
@input_genome1=split('\.',$input_genome);
$prefix=$input_genome1[0];
$final_features= "$prefix".'_features.csv';
$tmp_out_features='HPV_features.tsv';
$tmp_out_rscu='HPV_rscu.tsv';
#system("perl genome_to_gene.pl $input_genome $out_genes");
system("perl nfeatures.pl $out_genes $tmp_out_features");
system("perl codon_analysis.pl $out_genes $tmp_out_rscu");
system("rm $out_genes");
system("rm -f $input_genome");
system("perl nfeatures_to_features.pl $tmp_out_features $tmp_out_rscu $final_features");
system("rm $tmp_out_features");
system("rm $tmp_out_rscu");
system("python3 E2_E6_models/E2_E6_load_model.py $final_features $model");
system("rm $final_features");
#system("rm -r $prefix");
}
elsif($input_type=~m/E6/){
$out_genes="$input_genome";
@input_genome1=split('\.',$input_genome);
$prefix=$input_genome1[0];
$final_features= "$prefix".'_features.csv';
$tmp_out_features='HPV_features.tsv';
$tmp_out_rscu='HPV_rscu.tsv';
#system("perl genome_to_gene.pl $input_genome $out_genes");
system("perl nfeatures.pl $out_genes $tmp_out_features");
system("perl codon_analysis.pl $out_genes $tmp_out_rscu");
system("rm -f $input_genome");
system("rm -f $out_genes");
system("perl nfeatures_to_features.pl $tmp_out_features $tmp_out_rscu $final_features");
system("rm -f $tmp_out_features");
system("rm -f $tmp_out_rscu");
system("python3 E6_models/load_E6_model.py $final_features $model");
system("rm $final_features");
#system("rm -r $prefix");
}