Classes TER Paris-Montluçon.txt

class EspeceMoleculaire :
	string nom;
	int taille; //Diametre en nm
	float vitesse; //Proportion vitesse max
	int pop;
	
	
class Reaction : 
	EspeceMoleculaire* Reac1;
	EspeceMoleculaire* Reac2; //0 si y a pas.
	EspeceMoleculaire* Produit1;
	EspeceMoleculaire* Produit2; //0 si y a pas.
	float proba;
	
class Molecule :
	float PositionX;
	float PositionY;
	float positionZ;
	EspeceMoleculaire* espece;
	bool traitee;

CSV : Temps; Nb_Em1; Nb_Em2; ...; Nb_Emn; Nb_chocs; 

Arguments du programme : 
	-f : Nom du fichier
	-t : Temps total (en µs)
	-s : Type de simulation
	-j : Saut d'étapes en sortie
	

Simulateur simple (Gillespie) : 
	Considère toutes les molécules
	Hypothèse : Molécules réparties façon homogène
	Estimation statistique
	Nb_mol_total/Volume_total -> Concentration
	Même densité partout
	Nb_choc lié à la concentration
	Concentration mol1 = Nb_mol1/Volume_total
	Volume est constant
	Réaction mono- et bimoléculaires
	Mono : 1 molécule à gauche de la formule. e1 -> e3 + e4
	Bi : 2 molécules à gauche de la formule. e1 + e2 -> e3 + e4
	Trouver nombre de chocs. Proba * nb chocs font la réaction.
	Estimation nb chocs : Nb_choc_Reac = alpha * Nb_Em1 * Nb_Em2 / volume
	Nb_chocs = float
	Partie entière à coup sûr. Proba de partie décimale d'arriver une fois de +
	alpha(pour 100 ms) = 7.4 * 10^-7  (Conversion diamètre en microns)
	Mono : proba que la réaction s'effectue toute seule (Pas besoin de chocs) : Nb_reac = proba * Nb_mol
	L'ordre des réactions de doit pas être la même à chaque fois.
	Faire un ordre aléatoire


Entité-Centré :
	On a une sphère remplie de molécules
	Elle a un diamètre.
	Les molécules aussi.
	Créer la liste de chaque molécule.
	Lors de l'init : Placer les molécules à la suite dans la sphère. ?
	A chaque pas de temps : 
		On fait avancer la molécule: 
			Elle va dans un endroit vide : Ok
			Elle tamponne une autre molécule : On fait la réaction (avec la proba ?)
			Elle sort de la sphère : Elle bouge pas
		Mélanger la liste de molécule à chaque itération ou changer le sens parcours du vecteur(Début->Fin  ==> Fin->Début)
		On met la molécule à traitee=true et pareil pour la molécule tamponée
		Pour faire avancer la molécule, on peut prendre la plus grande vitesse et faire une probabilité de déplacement.
		Pas de réaction si la molécule tamponée est déjà traitée et la molécule bouge pas.
		Le booléen pour traitée est différent si on va de haut en bas ou de bas en haut.
	On peut faire un système de grille 3D ou chaque cube aurait la taille de (+ grosse molécule)
		Elle peut se déplacer d'une case maxi. (Hypothèse)
		On compare donc aux molécules dans les cubes autour d'elle plutôt que toutes les molécules
	



Dans le rapport : 
	Décrire l'énoncé
	Comment on a fait ce qu'on a fait